Fue presumiblemente aquí que recibió sus primeras lecciones en composición -el archivo del monasterio contiene un trabajo temprano suyo- y aprendió a tocar el teclado y el violín. La banda de la corte de Schlackenwerth ejerció indudablemente una especial atracción sobre J.C.F. Fischer, tomando en cuenta que sus miembros actuaron en una gran variedad de diferentes centros musicales de la época. Esto dio al joven músico la oportunidad de tomar contacto con un amplio rango de música, y además de perfeccionar sus habilidades instrumentales. Fischer probablemente tocó en los conciertos dados por la orquesta. Unos años después, en todo caso (algún día entre 1686 y 1689), fue nombrado Kapellmeister de la corte de Saxon-Lauenburg en Schlackenwerth. Cabe mencionar que dicho puesto era el mejor que un músico podía alcanzar durante el periodo barroco. Allí sirvió a tres generaciones.

La profunda polifonía y el refinado contrapunto de las composiciones de J.C.F. Fischer sugieren que habría estudiado con otros maestros prominentes. Podría haber aprovechado las posibilidades ofrecidas por la corte de Dresden, que no estaba tan lejos, y podría haber tenido incluso contacto personal con el Kapellmeister del Elector de Sajonia, Christoph Bernhard.

Edición discográfica de obras de Johann Caspar Ferdinand Fischer

Un compositor cuya influencia es evidente a lo largo de  la obra de J.C.F. Fischer es Jean Baptiste Lully, una de las figuras musicales más importantes y respetadas de su tiempo. Hasta el momento no podemos estar seguros sobre si Fischer tuvo la oportunidad de estudiar en París, pero definitivamente aprovechó la oportunidad de hacer un estudio intensivo de la obra de Lully en dos lugares cerca de su residencia. En Praga, la capital de Bohemia, en particular, Georg Muffat ayudó a diseminar el estilo de Lully. Como compositor extensamente educado que estaba familiarizado con las escuelas estilísticas diferentes del momento, Muffat asistió también a las presentaciones de la música de Lully en París e incluso conoció al maestro personalmente. Fischer viajó a Praga varias veces en el séquito de su patrón - Schlackenwerth mantenía una residencia en la ciudad-, donde se encontró con los músicos locales y recogió valiosa información sobre los rasgos especiales del estilo de Lully.

El año 1690 vio el matrimonio de la Princesa Francisca Sibylla Augusta de Sachsen-Lauenburg (1675-1733) con el Margrave de Baden, Ludwig Wilhelm (1655-1707), quién había ganado el apodo de "Luis el Turco" después que  rechazó con éxito los ejércitos turcos invasores. Como resultado del matrimonio, la casa real se trasladó a Rastatt, y al mismo tiempo Fischer fue nombrado Kapellmeister de la corte de Baden. Inicialmente, sin embargo, la Guerra de la Sucesión española (1701-1714) con sus erupciones repetidas de hostilidades, retrasó el traslado a Rastatt: la corte se quedó de momento en Schlackenwerth.

En 1691 Fischer se había casado con María Francisca von Macasin Sternenfels (1674-1698), quién le dio tres hijos antes de morir a edad temprana. Otros tres descendientes proceden del segundo matrimonio de Fischer, probablemente con  una cierta Anna Francisca (su apellido y origen son desconocidos) en 1700. El compositor también sobrevivió a su segunda esposa que falleció en 1732.

Las continuas circunstancias difíciles y el largo retraso en trasladar la corte a Rastatt hundieron a J.C.F. Fischer, que publicaba sus obras a su propio riesgo, en aprietos económicos. La situación fue más agravada por el hecho que al principio sólo parte de la casa real, que se había reducido como resultado de la guerra, se trasladó a Rastatt. Los ingresos de Fischer por su trabajo en la corte eran bastante magros en esa época. Pero aparentemente todavía lograba alimentar y vestir a su familia, que había crecido ahora a seis niños, con las ganancias de las lecciones, actividades musicales diversas y composiciones ocasionales. 

En 1695 Fischer publica en Augsburgo su primera obra “Le Journal du Printemps”, consistente en airs y balets en 5 partes y trompetas a piacere. Al año siguiente publica en Schlakenwerth  “Les Pieces de Clavessin”,  excelentes suites que siguen el tipo de estructura francesa y en 1702,  en ese mismo lugar, el “Ariadne Musica neo-organoedum”,  preludios para órgano en miniatura y fugas en veinte tonalidades que ofrecieron inspiración e incluso ideas temáticas a Johann Sebastian Bach para sus obras.

Desterrado por el caos de la guerra, el Margrave Ludwig empezó a ampliar la residencia de Rastatt para convertirla en un palacio imponente al que se mudó luego con su esposa en 1705. Cuando él murió dos años después a causa de  las fatales  lesiones recibidas en la guerra, la Margravine tomó las riendas del gobierno.

Otro ocho años debieron pasar antes que J.C.F. Fischer pudiera finalmente mudarse a Rastatt en 1715; la Guerra de la Sucesión española había terminado con un tratado de paz el año anterior. Bajo la regencia de la Margravine Sibylla Augusta, Rastatt se desarrolló ahora en una residencia floreciente basada en el modelo francés. La nueva situación llevó indudablemente a una marcada mejora en las condiciones financieras de J.C.F. Fischer.

Olvidado por la pluma de biógrafos, y rara vez interpretado, ha logrado mantener su nombre en la historia de la música como uno de los más importantes compositores de teclado de la Alemania barroca y gracias a la influencia que tuvo sobre el compositor de Eisenach.

Los ambientes refinados en que J.C.F. Fischer trabajó se reflejan claramente en sus composiciones. Además de ocho suites orquestales en modo francés -impresas en 1695 bajo el título de "Le Journal du Printemps"- su obra contiene muchos trabajos seculares y sacros (Singspiele, diálogos escénicos, misas, concerti sacros, escenas de salmo, etc.) y también cinco óperas de uno a tres actos de estilo veneciano, que se representaron en ocasiones festivas.

Una categoría importante adicional son las obras para teclado de Fischer. Mención especial debe hacerse del ciclo para órgano "Ariadne Musica" que ofrece preludios y fugas en 20 tonalidades diferentes. Este trabajo se publicó en 1702, 20 años antes de la primera parte de "El Clavecín bien temperado" de J. S. Bach; este realmente admiró el trabajo de Fischer y parte de su inspiración temática la tomó del ciclo del hombre más viejo. Georg Frideric Haendel también conoció el trabajo de Fischer y a veces le pidió prestado.

En 1736, cuarenta años después de la primera colección aparecida, J.C.F. Fischer sacó otro juego de suites de teclado titulado "Musicalischer Parnasus" y dedicado a las nueve Musas, las diosas de las artes liberales (el Parnaso era la residencia de las Musas en la mitología griega antigua).